Есть ли команда для майнкрафта, которая способна в определённом радиусе заменить все определённые блоки на пустоту?
В плагине WorldEdit есть. Штатными средствами можно заменить не в шаре с заданным радиусом, а в прямоугольном параллелепипеде, через команду /fill.
В WorldEdit есть такое.
Вместо "пустоты" команда "вырезает" блоки в прямом смысле. (//set 0)