Какую команду нужно вписать в permissions, чтобы игрок мог приватить или ставить /sethome не больше 2-3 раз? И как поставить ограничение на приват?
Это делается в конфигах WorldGuard, посмотри там
А про точки с домом это Essentials, поставь его. В нем по моему тоже есть настройки приватов
