То, что в центре - измененная шейдерами вода, она прозрачная. Но проблема в том, когда эта самая вода растекается (будь то вылитое ведро с водой или просто поломка блока рядом с водоемом) получается так, что вода становится дефолтной на секунду, а потом изменяется под влиянием шейдеров.
Меняй шейдер