В майнкрафте с модом Сумеречный Лес можно еще раз встретить боссов, которых убил?

То есть например убил там босса Гидру/Нагу/Лича, не столь важно. Этот босса можно будет ещё раз найти в мире?

Да, подальше убежать прогрузить чанки

Да, конечно.
мир имеет генерацию по биомам, боссы в том числе.
Значит, ищешь биом босса и все.
Если в одиночке, то можно бесконечно их убивать

Можно.