Вопрос по ядру сервера майнкрафт, как выдавать права не скачивая плагинов на права, просто из ядра сервера там есть файл

На сервере есть файл Permission.yml я его заполнил, но как выдавать права не знаю

Ты хотя бы узнай что делает этот файл, он не для выдачи прав и так далее
Permissions.yml - это YAML-файл определения разрешений по умолчанию, который автоматически создается при запуске. Его основная функция состоит в том, чтобы сгруппировать узлы разрешений в один файл, чтобы его можно было использовать в системе с помощью плагинов разрешений (и плагинов, использующих одинаковые разрешения).